O Náutico está na história da Arena de Pernambuco, e vice-versa. Com o alvirrubro, o estádio recebeu sua primeira partida, um empate em 1 a 1 com o Sporting, de Portugal, em um amistoso internacional. No estádio, o Timbu quebrou um jejum de 14 anos sem títulos, ao vencer o Pernambucano de 2018, coincidentemente, contra o mesmo Central que marca seu retorno à Arena.
No total, entre maio de 2013 e agosto de 2018, foram 154 partidas, com 80 vitórias, 32 empates e 42 derrotas, somando um aproveitamento de 58,9% dos pontos disputados. Lá, além de amistosos, foram jogadas partidas por Séries A, B e C do Campeonato Brasileiro, Copa do Brasil, Copa Sul-Americana, Campeonato Pernambucano e Copa do Nordeste. As memórias da torcida, porém, não são positivas.
O Náutico chegou à Arena após uma boa campanha do Brasileirão de 2012, que o creditou a ser o único representante pernambucano na Primeira Divisão do ano seguinte. A campanha de 2013, porém, já em São Lourenço da Mata, foi a pior do clube nos pontos corridos e acabou com o rebaixamento na última posição. A marca negativa se repetiu em 2017, com a lanterna da Série B e retorno para a segunda passagem na Série C, da qual o Timbu só conseguiu sair após voltar aos Aflitos.
A última partida do Náutico na Arena de Pernambuco foi em 26 de agosto de 2018, quando os alvirrubros, comandados por Márcio Goiano, empataram em 1 a 1 com o Bragantino e foram eliminados nas quartas de final da Série C após fechar o Grupo A na primeira colocação.
Na relação desgastada, o contrato longo acabou sendo encurtado e o Timbu já conseguiu jogar na Rosa e Silva em 2018, com um amistoso contra os argentinos do Newell’s Old Boys marcando a reinauguração do Estádio dos Aflitos, que, após os últimos sete anos, se provou, mais que nunca, a verdadeira cada do Náutico.